در صورتی که مودی، برخی از فعالیت‌ها یا معاملات خود را کتمان کند یا از صدور صورت‌حساب‌های خود از طریق سامانه مودیان خودداری کرده یا در ثبت قیمت یا مقدار فروش مرتکب کم‌اظهاری یا بیش‌اظهاری شده باشد، سازمان موظف است موارد تخلف مودی را از طریق سامانه مودیان به اطلاع وی برساند. در صورتی که مودی موارد مزبور را بپذیرد و آنها را در کارپوشه خود در سامانه مودیان ثبت یا اصلاح کند، صرفا مشمول جریمه‌های موضوع ماده (۲۲) این قانون خواهد شد.
همچنین وقتی مودی آن موارد را نپذیرد و از ثبت یا اصلاح آنها در سامانه مودیان امتناع کند، سازمان مراتب تخلف مودی را با اسناد و مدارک مثبته به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع می‌دهد. درصورت تایید تخلف توسط هیات حل اختلاف مالیاتی، سازمان می‌تواند با مراجعه به مودی یا مطالبه دفاتر و اسناد او، نسبت به حسابرسی دوره‌های مالیاتی سال تخلف اقدام کند. علاوه بر این، مودی متخلف مشمول جریمه‌های موضوع ماده (۲۲) این قانون خواهد بود.
در صورتی که به هر دلیل اعم از تعطیلی (موقت یا دائم) یا انحلال واحد کسب‌وکار، بهره‌برداری از پایانه فروشگاهی به‌طور موقت یا دائم متوقف شود، اشخاص مشمول مکلفند مراتب را ظرف مدت ۱۰روز از توقف بهره‌برداری از طریق کارپوشه خود در سامانه مودیان حسب مورد به سازمان یا شرکت معتمد ارائه‌دهنده خدمات در مواردی که تعطیلی واحد کسبی به حکم مراجع قانونی ذی‌ربط باشد یا در موارد قوه قهریه یا بروز حوادث غیرمترقبه که مبتنی بر علل و جهاتی خارج از اراده اشخاص مشمول باشد و بر اثر آن اطلاع به سازمان ممکن نباشد، اشخاص مشمول تا رفع موانع قهریه مذکور از رعایت مهلت زمانی مقرر در این ماده مستثنی هستند.ضمنا اشخاص مشمولی که نسبت به تغییر شغل یا محل فعالیت، تغییر مالکیت یا اجاره واحد کسب‌وکار اقدام می‌کنند، مکلفند ظرف مدت ۱۰روز تغییرات انجام‌شده را از طریق کارپوشه خود در سامانه مودیان حسب مورد به سازمان یا شرکت معتمد ارائه‌دهنده خدمات مالیاتی اعلام کنند.
در پایان باید گفت، عدم نصب یا عدم استفاده از سامانه صندوق فروش فروشگاهی یا عدم ثبت صورت‌حساب خرید و فروش جرایمی را نیز در پی دارد. به این صورت که عدم استفاده از سامانه صندوق فروش موجب تعلق جریمه‌ای معادل ۲درصد فروش خواهد بود. ماخذ محاسبه جریمه، آن بخش از فروشی خواهد بود که عملیات آن در سامانه صندوق فروش ثبت نشده یا اطلاعات آن در اختیار سازمان قرار نگرفته است.
